Nova York 2010. Humanos e Mutantes travavam mais uma guerra, onde os principais líderes humanos queriam ver os mutantes fichados expondo seus poderes a todos, mas os portadores do gene X continuavam firmes na luta, não aceitando essa proposta. Vários grupos rebeldes de mutantes sem líderes atacavam o governo e houve muitas mortes civis. Dois grupos mutantes eram as principais peças da guerra, a irmandade e os x-mens liderados por Charles Xavier.
A Irmandade queria que os mutantes fossem reconhecidos como raça superiora e que os humanos aceitassem eles como líderes, e os membros do Instituto só desejavam a paz entre todos.
Mas o governo tinha uma outra opinião e resolveram soltar no ar o Vírus Legado, inofensivo para os humanos, mas extremamente tóxico para os mutantes. Milhares de mutantes morreram em questões de poucos dias após a inalação do vírus, muitos desses sendo x-mens e irmandenses.
A morte de Charles Xavier e Magneto culminou no fim da guerra e muitos dos mutantes que sobreviveram fugiram, sem deixar rastros.
Durante 15 anos os mutantes que continuaram em solo Nova Yorkino sofreram com os efeitos colaterais do vírus no ar, muitos desenvolveram resistência ao vírus conseguindo viver naturalmente, mas outros criaram um novo tipo de mutação tendo parte dos corpos deformados, e influenciando em seus poderes. Assim surgiu os chamados Morlocks, que no futuro seriam considerados a escória mutante.
Ano 2025, um avião de Londres chega a Nova York trazendo James Howlett, conhecido como Wolverine como passageiro. Único sobrevivente entre os x-mens após a guerra em 2010 se exilou em Londres voltando depois de 15 anos.
Ele tinha um objetivo, reabrir a mansão mutante e assim continuar o trabalho de seu amigo, ajudando a mutantes de vários lugares a controlar seus poderes.
Ao mesmo tempo, alguns mutantes adeptos das causas irmandenses começaram a se juntar e um novo grupo da Irmandade é formado.
A guerra esta prestes a começar novamente porque os humanos não deixarão os mutantes em paz. A guerra será por todos aqueles que morreram no passado lutando por um futuro.
Um grupo militar é invocado das cinsas da Guerra do Vietnã, Ardill-22. Com uma única missão, exterminar todos e quais quer mutantes que pertubar ou opor-se as leis vigentes impostas a eles. Com todos e mais distintos grupos oposionistas reunidos num palco proprício para guerra.